Лекторий Центра молодежных программ — это экспериментальная образовательная платформа музея. Она объединяет лекции ведущих специалистов, молодых ученых и исследователей, занимающихся вопросами религии, философии, теологии и культурологии. Каждая лекция — это авторский взгляд на одну культурную традицию в целом или один ее аспект в контексте актуальных междисциплинарных исследований.
Занятия рассчитаны на широкий круг слушателей, интересующихся философскими вопросами. Ежегодно проходит несколько лекционных циклов разной тематики. В 2021–2022 гг. темами стали «Русский Бог» и «Духи, одержимость и экзорцизм в религиях Дальнего Востока».